Tên gọi Hội An ngày nay được hình thành từ rất lâu trong lịch sử, nhưng thật khó có thể xác định chính xác thời điểm ra đời của nó. Theo tác giả Dương Văn An trong cuốn sách Ô Châu cận lục, vào năm 1553, huyện Điện Bàn có 66 xã, trong đó có các xã Hoài Phô, Cẩm Phô, Lai Nghi, nhưng chưa thấy cái tên Hội An được ghi lại. Dưới thời Lê, tấm bản đồ do đại thần Đỗ Bá vẽ in trong Thiên Nam tứ chí lộ đồ có ghi lần đầu tiên các địa danh Hội An phố, Hội An đàm, Hội An kiều. Trên tấm bia Phổ Đà Linh Sơn Trung Phật tại động Hoa Nghiêm, Ngũ Hành Sơn ghi tên những người góp tiền xây dựng chùa, tên làng Hội An được nhắc tới ba lần. Thời chúa Nguyễn Phúc Lan, làng Minh Hương được thành lập bên cạnh làng Hội An đã có trước đó. Căn cứ vào văn bản của dinh trấn Quảng Nam thời Minh Mạng gửi trưởng bang Hoa kiều, Hội An phố gồm 6 làng: Hội An, Minh Hương, Cổ Trai, Đông An, Diêm Hộ, Hoa Phô. Nhà nghiên cứu người Pháp Albert Sallet cho rằng làng Hội An là làng quan trọng nhất trong năm làng tạo nên quần cư Hội An cổ, gồm Hội An, Cẩm Phô, Phong Niên, Minh Hương và An Thọ.[2]

Người phương Tây xưa kia gọi Hội An bằng cái tên Faifo. Xuất xứ của cái tên này ngày nay vẫn tồn tại nhiều giả thuyết. Trong cuốn Từ điển Việt-Bồ-La của Alexandre de Rhodes in tại Roma năm 1651, chữ Hoài phô được định nghĩa: một làng trong xứ Cochinchine mà người Nhật ở và gọi là Faifo.[3] Một giả thuyết phổ biến cho rằng Faifo xuất phát từ tên Hội An phố, cái tên sử sách và địa chí Trung, Việt đều nhắc tới. Theo một thuyết khác, sông Thu Bồn trước kia có tên là sông Hoài, nên Hội An còn được gọi là Hoài Phố, sau Hoài Phố biến thành Phai Phố, từ đó xuất hiện cái tên Faifo.[4] Trong những thư từ, ghi chép của những giáo sĩ, học giả phương Tây, những cái tên Faifo, Faifoo, Fayfoo, Faiso, Facfo... từng xuất hiện nhiều lần. Alexandre de Rhodes trong bản đồ An Nam gồm Đàng Trong và Đàng Ngoài ấn hành năm 1651 có ghi rõ tên Haifo. Về sau, trên bản đồ chính thức của chính quyền Đông Dương, người Pháp đều sử dụng tên Faifo để chỉ Hội An.[5]